近年來，企業為留住人才、提昇職工福利，往往會與醫療院所簽訂員工健康檢查協議，並由企業負擔該健檢費用，財政部南區國稅局於近期查核案件中發現，企業列報上開健檢費用支出，卻未依所得稅法之規定辦理員工薪資扣繳之情形。 該局指出，員工由服務單位支領或給付之健康檢查費，係屬職務上取得之補助費，核屬所得稅法第14條第1項第3類規定之薪資所得，公司依法應辦理薪資扣繳，惟若該檢查係依「勞工安全衛生法」第12條第1項規定對於在職勞工應施行之定期健康檢查，及對於從事特別危害健康之作業者，應定期施行特定項目之健康檢查，得不視為該員工之薪資所得，免予扣繳。 因此，事業給付員工健康檢查費用，應先探究其給付之性質，是否屬應扣繳之薪資，以免因漏扣繳而遭受處罰，影響自身權益。