财政部台湾省南区国税局表示，营业人如发生营业亏损，在办理当年度营利事业所得税结算申报时，请特别注意是否有短漏报所得额情事，否则如被查获，纵然加计短漏所得额后仍无应纳税额，也可能会受到罚锾处分。 该局指出，营业人办理营利事业所得税结算申报，如系营业亏损，嗣经税捐稽徵单位查获有短漏报所得情形，除非其短漏报所得额在5万元以下，因无适用之营利事业所得税税率，可予免罚外，如短漏报所得额在5万元以上者，虽加计短漏之所得额后仍无应纳税额，尚须就短漏之所得额依当年度适用之营利事业所得税级距税率计算之金额，减除累进差额后，以其余额分别按已依规定自行申报或未依规定办理申报之不同，各处2倍或3倍以下罚锾。例如：某公司94年度营利事业所得税结算申报课税所得额亏损100万元，嗣经国税局查获其漏报营业收入20万元，减除相关成本及费用4万元后，漏报课税所得额为16万元，从而核定当年度课税所得额亏损84万元，虽无应纳税额，惟该笔漏报之课税所得额16万元仍应依适用税率25％计算之金额4万元，减除累进差额1万元后，按3万元处2倍以下之罚锾，如该公司当年度未依规定办理结算申报，则处3倍以下之罚锾。 该局最近曾查获结算申报营业亏损之营业人，因有漏报所得而受到处罚之案例，因此特别呼吁营业人不可因营业亏损，办理结算申报时就掉以轻心，致短漏报所得而遭到处罚。