財政部臺灣省南區國稅局表示，營業人如發生營業虧損，在辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，請特別注意是否有短漏報所得額情事，否則如被查獲，縱然加計短漏所得額後仍無應納稅額，也可能會受到罰鍰處分。 該局指出，營業人辦理營利事業所得稅結算申報，如係營業虧損，嗣經稅捐稽徵單位查獲有短漏報所得情形，除非其短漏報所得額在5萬元以下，因無適用之營利事業所得稅稅率，可予免罰外，如短漏報所得額在5萬元以上者，雖加計短漏之所得額後仍無應納稅額，尚須就短漏之所得額依當年度適用之營利事業所得稅級距稅率計算之金額，減除累進差額後，以其餘額分別按已依規定自行申報或未依規定辦理申報之不同，各處2倍或3倍以下罰鍰。例如：某公司94年度營利事業所得稅結算申報課稅所得額虧損100萬元，嗣經國稅局查獲其漏報營業收入20萬元，減除相關成本及費用4萬元後，漏報課稅所得額為16萬元，從而核定當年度課稅所得額虧損84萬元，雖無應納稅額，惟該筆漏報之課稅所得額16萬元仍應依適用稅率25﹪計算之金額4萬元，減除累進差額1萬元後，按3萬元處2倍以下之罰鍰，如該公司當年度未依規定辦理結算申報，則處3倍以下之罰鍰。 該局最近曾查獲結算申報營業虧損之營業人，因有漏報所得而受到處罰之案例，因此特別呼籲營業人不可因營業虧損，辦理結算申報時就掉以輕心，致短漏報所得而遭到處罰。